中级营养师证发证部门通常是由国家卫生健康委员会下属的各级卫生健康行政部门负责颁发，在中国，不同省份和城市的卫生健康行政部门可能会有所不同，因此具体发证部门需要根据您所在的地区进行查询。

想要获得中级营养师证书，需要先参加由国家卫生健康委员会认可的中级营养师培训课程并通过考试，在完成培训和考试后，您需要向所在地区的卫生健康行政部门提交相关申请材料，包括身份证明、学历证明、培训证明等，经过审核后，卫生健康行政部门会根据您的情况进行评估，如果符合颁发中级营养师证书的条件，就会为您颁发该证书。

需要注意的是，不同级别的营养师证书所对应的发证部门也可能会有所不同，初级营养师证书通常由县级或乡镇级卫生健康行政部门颁发，而高级营养师证书则可能由地市级或省级卫生健康行政部门颁发，在申请中级营养师证书时，您需要了解清楚自己所在地区的具体情况。