中医针灸师证办理机构主要集中在以下几个单位：

1、中医药管理部门：各级中医药管理部门是负责中医针灸师证书颁发的主要机构，他们负责制定中医针灸师培训和考试的相关规定，组织实施中医针灸师的培训、考试和证书颁发工作，在这些部门办理中医针灸师证的单位包括各省、自治区、直辖市的中医药管理局、卫生健康委员会等。

2、中医药院校：中医药院校是培养中医针灸师的主要基地，这些学校通常设有专门的针灸推拿专业，通过系统的课程设置和实践教学，培养学生掌握中医针灸的基本理论、基本知识和基本技能，在这些院校办理中医针灸师证的单位主要包括本科、专科中医药院校。

3、中医药培训机构：为了满足社会对中医针灸师的需求，各级政府还支持设立了一批中医药培训机构，这些机构通过开展各类培训班、研修班等形式，为有意向从事中医针灸工作的人员提供专业的培训和指导，在这些培训机构办理中医针灸师证的单位主要包括各级中医药行业协会、社会组织等。

4、其他相关单位：除了上述几个主要的办理机构外，还有一些其他相关单位也承担着中医针灸师证的办理工作，一些卫生健康部门、中医药科研机构、中医药企业等，也可能参与到中医针灸师证的办理工作中。

办理中医针灸师证的具体流程一般如下：

1、报名：报考者需要向所在单位或所在地区的相关办证机构提交报名申请，填写《中医针灸师资格考试报名表》，并提交相关证件和材料。

2、培训：报考者需要参加由办证机构组织的中医针灸师培训课程，学习相关的理论知识和实践技能，培训结束后，学员需参加由办证机构组织的统一考试。

3、考试：考试内容包括中医基础理论、针灸学、推拿学等方面的知识，考试合格者可获得中医针灸师资格证书。

4、发证：办证机构根据考试成绩和培训情况，对合格的考生颁发中医针灸师证书，证书分为初级、中级、高级三个等级，考生可根据自己的实际情况选择报考相应等级的证书。

办理中医针灸师证需要通过正规的办证机构进行，以确保证书的真实性和权威性，考生还需要不断学习和实践，提高自己的业务水平，才能在从事中医针灸工作时取得更好的成绩。