中医针灸师证书的颁发主要由中国国家卫生健康委员会主管的全国卫生行业职业技能鉴定指导中心负责，该中心是国家职业技能鉴定的主管部门，负责全国范围内的职业技能鉴定工作，包括中医针灸师证书的颁发。

在全国卫生行业职业技能鉴定指导中心，中医针灸师证书的考试分为理论考试和实践操作考试两部分，理论考试主要考察考生对中医针灸学的基本理论、基本知识和基本技能的理解和掌握程度，实践操作考试则主要考察考生的实际操作能力和技术水平。

在通过理论考试和实践操作考试后，考生需要提交相关材料，经过审核合格后，方可获得中医针灸师证书，这个证书不仅是对考生技能的一种认可，也是他们在从事中医针灸工作时的一种资格证明。

一些地方还会有一些专门的中医药学校或者培训机构开设中医针灸师专业课程，学生在完成学业并通过考试后，也会获得相应的中医针灸师证书。

中医针灸师证书的颁发是由国家卫生健康委员会主管的全国卫生行业职业技能鉴定指导中心负责的，这不仅保证了证书的权威性，也为中医针灸师的专业发展提供了保障。