中医针灸师证办理机构主要分布在全国各地，包括一线城市和二线城市，以下是一些主要的办理机构：

1、北京中医药大学：北京中医药大学是我国最早的中医药高等学府，也是中医针灸师证的主要办理机构之一，学校设有针灸推拿学院，专门负责中医针灸师的培训和证书颁发。

2、上海中医药大学：上海中医药大学同样是我国著名的中医药高等学府，其针灸推拿学院也是中医针灸师证的主要办理机构之一。

3、广州中医药大学：广州中医药大学是我国南方地区的重要中医药学府，其针灸推拿学院也是中医针灸师证的主要办理机构之一。

4、天津中医药大学：天津中医药大学是我国北方地区的重要中医药学府，其针灸推拿学院也是中医针灸师证的主要办理机构之一。

5、成都中医药大学：成都中医药大学是我国西南地区的重要中医药学府，其针灸推拿学院也是中医针灸师证的主要办理机构之一。

6、武汉中医药大学：武汉中医药大学是我国中部地区的重要中医药学府，其针灸推拿学院也是中医针灸师证的主要办理机构之一。

还有一些地方性的中医药高等学府也提供中医针灸师证的培训和证书颁发服务，如南京中医药大学、西安中医药大学等。