中医针灸师证办理机构主要分布在全国各地的中医药管理部门和卫生部门，以下是一些主要的办理机构：

1、国家中医药管理局：作为国家级的中医药管理部门，国家中医药管理局负责全国范围内的中医针灸师证书的颁发和管理，在国家中医药管理局设立了专门的针灸师资格考试办公室，负责组织和实施中医针灸师资格考试工作，考生需要通过考试后，由国家中医药管理局颁发中医针灸师资格证书。

2、各省、自治区、直辖市中医药管理部门：各级中医药管理部门在国家中医药管理局的指导下，负责本辖区内中医针灸师证书的颁发和管理，各地中医药管理部门会定期组织中医针灸师资格考试，考生需按照规定程序参加考试，通过后方可申请颁发中医针灸师证书。

3、卫生部门：部分地区的卫生部门也会承担中医针灸师证书的颁发和管理工作，北京市卫生局、上海市卫生局等，这些部门会在规定的时间内组织中医针灸师资格考试，考生需要通过考试后，方可申请颁发中医针灸师证书。

4、中医药大学附属医院：一些中医药大学附属医院也会设有针灸科，负责培训和考核本校的针灸专业学生，在完成学业并通过考核的学生，可以向医院申请颁发中医针灸师证书。

5、社会培训机构：除了以上正规的办理机构外，还有一些社会培训机构也提供中医针灸师证书的办理服务，这些机构通常会与上述正规机构合作，为学员提供培训和考试服务，需要注意的是，这些机构的证书可能在一定程度上不如正规机构颁发的证书具有权威性和认可度。

想要办理中医针灸师证书的考生，可以选择向国家中医药管理局、各省、自治区、直辖市中医药管理部门、卫生部门以及中医药大学附属医院等正规机构咨询和报名，也可以通过社会培训机构进行咨询和报名，但需注意选择有资质、信誉良好的机构，在办理过程中，考生需按照相关规定准备相关材料，参加考试并通过后方可获得中医针灸师证书。