中医针灸师证办理机构需要办理的手续包括：

1、报名参加中医针灸师培训班，学习中医基础理论、针灸技术等相关知识。

2、完成培训后，参加由国家中医药管理局组织的中医针灸师资格考试。

3、通过考试后，申请领取中医针灸师资格证书。

4、在获得中医针灸师资格证书后，可以在医院、诊所等医疗机构从事中医针灸治疗工作。