营养师证抵扣社保的操作方法如下：

1、取得营养师证书后，需要在所在单位进行社保登记，在办理社保时，可以选择将个人的社会保险缴纳部分用于抵扣个人所得税，具体操作方法是在办理社保时，向工作人员说明自己是营养师，希望将社保费用用于抵扣个人所得税。

2、在办理完社保登记后，需要在每个纳税年度内，向税务机关申报个人所得税，在申报个人所得税时，可以选择将已经缴纳的社会保险费用用于抵扣应纳税所得额，具体操作方法是在申报个人所得税时，填写相关信息并选择“抵扣已缴社会保险费”选项。

3、如果已经离职或者换工作，需要及时办理社保转移手续，在办理社保转移手续时，可以将之前缴纳的社会保险费用转移到新的单位，具体操作方法是向原单位申请办理社保转移手续，并提供相关证明材料。

4、如果需要查询自己的营养师证书是否可以用于抵扣社保费用，可以登录国家税务局网站或者拨打当地税务机关的服务热线进行咨询，同时也可以向所在单位的人事部门咨询相关事宜。

营养师证抵扣社保需要先取得证书并进行社保登记，然后在每个纳税年度内向税务机关申报个人所得税并选择抵扣已缴社会保险费选项，如果已经离职或者换工作，需要及时办理社保转移手续，最后可以通过各种途径查询自己的证书是否可以用于抵扣社保费用。