中医针灸师证办理机构主要包括以下几个单位：

1、中医药管理部门：各级中医药管理部门是负责中医针灸师证办理的主要单位，这些部门通常隶属于卫生计生委、中医药局等政府部门，负责制定中医针灸师证的考试大纲、报名条件、考试时间等相关信息，并对考试进行监督和管理，在申请中医针灸师证时，需要向所在地的中医药管理部门提出申请，提交相关材料，参加考试并通过后方可获得证书。

2、中医药院校：中医药院校是培养中医针灸师的重要基地，很多学校都设有针灸推拿专业或相关专业，为学生提供系统的理论知识和实践技能培训，在完成学业后，学生可以通过学校的推荐或者自主报名的方式，向中医药管理部门申请办理中医针灸师证，一些中医药院校还设有继续教育项目，为已经取得中医针灸师证的人员提供进一步的学习和培训机会。

3、社会培训机构：为了满足市场需求，很多社会培训机构也开设了中医针灸师证培训课程，这些培训机构通常聘请有丰富经验和专业知识的中医针灸师作为授课教师，为学员提供系统的培训和指导，学员在完成培训课程后，可以参加由中医药管理部门组织的中医针灸师证考试，通过考试后即可获得证书，社会培训机构的优点是灵活性较高，可以根据学员的需求和时间安排进行培训；缺点是可能存在教学质量参差不齐的问题，因此在选择培训机构时需要谨慎。

4、个人执业诊所：对于已经在中医针灸领域有一定工作经验和实践能力的人员，可以选择在个人执业诊所开展工作，在取得中医针灸师证后，可以在诊所内为患者提供针灸治疗服务，需要注意的是，个人执业诊所需要遵守相关的法律法规和卫生标准，确保诊疗过程安全有效。

5、其他相关单位：除了上述几个主要单位外，还有一些其他单位也可以办理中医针灸师证，如行业协会、研究机构等，这些单位通常会根据自身的业务范围和特点，为相关人员提供不同的培训和认证服务。

办理中医针灸师证的机构有很多种，考生可以根据自己的实际情况和需求选择合适的单位进行申请，在申请过程中，一定要了解相关的政策和要求，确保自己符合条件并按照规定的程序进行操作，也要注意防范虚假证书和非法中介，以免上当受骗。