中医针灸师证书的颁发部门有很多，其中比较正规的有国家中医药管理局、各省市中医药管理局、中医药大学等。

国家中医药管理局是国家级的中医药管理机构，负责全国中医药事业的管理和监督，国家中医药管理局颁发的中医针灸师证书具有权威性和可信度。

各省市中医药管理局也是国家级的中医药管理机构，负责本省(市)中医药事业的管理和监督，各省市中医药管理局颁发的中医针灸师证书也具有一定的权威性和可信度。

中医药大学是培养中医药人才的重要场所，其颁发的中医针灸师证书也具有一定的权威性和可信度。