中医针灸师证的发证机关是指负责管理和监督中医针灸师培训、考核和发证工作的政府部门或机构，在中国，中医针灸师证的发证机关主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会共同承担。

国家卫生健康委员会是全国中医药工作的主管部门，负责制定中医药事业的发展战略、规划和政策，组织实施中医药法规、规章和标准，在中医针灸师培训、考核和发证方面，国家卫生健康委员会会同相关部门制定统一的培训大纲、教学计划和考核标准，确保中医针灸师培训的质量和水平。

各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的指导下，负责本地区中医针灸师培训、考核和发证的具体工作，各级卫生健康委员会会同中医药管理部门，组织开展中医针灸师的培训、考核和发证工作，对培训合格的中医针灸师进行登记管理，并向国家卫生健康委员会报告本地区中医针灸师的基本情况。

在中医针灸师证的发放过程中，各级卫生健康委员会会对申请人的资格进行审核，确保其具备相应的学历、实践经验和技能，通过考试的考生，由省级卫生健康委员会颁发中医针灸师证书，获得中医针灸师证书的人员，方可在医疗机构从事中医针灸诊疗工作。

为了提高中医针灸师的专业水平，国家卫生健康委员会还会定期组织中医针灸师的培训和考核，对优秀的中医针灸师进行表彰和奖励，鼓励中医药院校加强中医针灸专业的建设和发展，培养更多优秀的中医针灸人才。

中医针灸师证的发证机关是国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会共同承担的职责，通过他们的严格管理和监督，确保了中医针灸师培训的质量和水平，为保障人民群众的健康做出了积极贡献。